耳瘘主要是由于多基因突变、胚胎发育异常等原因引起的。
1.多基因突变
耳瘘是一种多基因遗传性疾病，遗传方式一般是常染色体显性遗传，患者的父亲或其他亲属患有该疾病时，其发生耳瘘的可能性相对于其他人而言较大。
2.胚胎发育异常
患者处于胚胎时期时，出现基因突变的情况，可对胚胎的发育产生影响，易造成其第1、2鳃弓发育不良或第1鳃沟封闭不全，从而导致其出现耳瘘的情况。
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