肛瘘的病因主要有肛管或直肠周围脓肿、手术、抵抗力下降、肠道疾病等。
1、肛管或直肠周围脓肿
肛管或直肠周围形成脓肿，当脓肿发生破溃或切开引流后会在肛周皮肤形成外口，内部与直肠或者肛管相通，由此形成肛瘘。
2、手术
如果在进行产后会阴缝合手术、前列腺手术、尿道手术后发生感染，累及肛管或者直肠，也可以导致肛瘘。
3、抵抗力下降
患有糖尿病、白血病、结核等疾病，患者的抵抗力会明显下降，病原体可能会经血行感染引起肛瘘。
4、肠道疾病
溃疡性结肠炎、克罗恩病、直肠肛管癌等肠道疾病也可能引发肛瘘。
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