阴茎短通常是指小阴茎，可通过查体、实验室检查、影像学检查等方法明确诊断，分析如下：
1、查体
患者可到正规医院的泌尿外科进行查体，可明确阴茎在疲软状态下以及牵拉状态下的准确长度，有利于明确诊断。
2、实验室检查
患者可做性腺激素检查，可明确是否存在雄激素分泌不足的情况;还可做HCG刺激试验，可明确是否存在原发性睾丸功能低下的情况;患者也可做染色体核型检查，可检查出细胞中染色体是否正常。
3、影像学检查
患者可进行CT、核磁共振等检查，可检查出脑部是否存在下丘脑、垂体畸形的情况。
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