高位肛瘘的治疗方法有一般治疗、药物治疗、手术治疗、其他治疗等。
1、一般治疗
每天用温水坐浴，保持肛门部位清洁，以免继发感染;饮食方面可以吃些新鲜的水果蔬菜，保持大便通畅。
2、药物治疗
伴有全身感染患者，可以使用青霉素、头孢曲松钠、庆大霉素等药物进行治疗;对于克罗恩病引起的高位肛瘘，可应用氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗。
3、手术治疗
高位单纯性肛瘘，可进行挂线疗法;高位复杂性肛瘘，可通过视频辅助治疗肛瘘;对于存在肛门收缩功能减退的患者，可以进行滑动性黏膜瓣推进关闭内口术。
4、其他治疗
高位肛瘘患者也可以采取纤维蛋白黏合剂塞充肛瘘，有助于改善临床症状。
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