可以根据临床症状、体格检查、实验室检查、影像学检查等诊断高位肛瘘。
1、临床症状
高位肛瘘临床症状表现为肛周潮湿、瘙痒、有脓液流出等，部分患者瘘外口有粪便、气体排出。
2、体格检查
视诊可见肛瘘外口呈乳头状隆起;按压外口周围组织，可有脓液流出;直肠指检，可扪及结节状内口。
3、实验室检查
血常规检查，血象升高有助于诊断高位肛瘘;分泌物性质检查，对于诊断高位肛瘘也有一定的价值。
4、影像学检查
瘘管碘油造影检查，可以查看瘘管分布情况，多用于高位复杂性肛瘘;直肠腔内超声、磁共振成像检查，可观察瘘管走向、内口，并且可以判断瘘管与括约肌关系。
