高位肛瘘主要病因是感染，而造成高位肛瘘感染的因素有外伤性感染、肛旁脓肿、肛腺感染、特异性感染等。
1、外伤性感染
外伤导致肛门周围皮肤受损，则会使皮肤保护屏障能力减弱，容易受到感染，引起局部脓肿，当脓肿迁延不愈时可形成高位肛瘘。
2、肛旁脓肿
肛旁脓肿自行破溃或切开引流时，可在肛周皮肤形成外口，与原发感染病灶相同，形成高位肛瘘。
3、肛腺感染
细菌通过肛腺进入到肛周后，可造成局部感染、脓肿，进而引起高位肛瘘。
4、特异性感染
溃疡性结肠炎、克罗恩病等疾病，也可引起高位肛瘘。
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