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根据现在的医学发展的药物和手段，是不能根除慢性乙肝的。但是也有很少数病人，能通过自己的免疫力把病毒清除掉。可是这种情况的发生率很低，可能在1%-3%左右。
目前对于慢性乙肝，主要通过抗病毒治疗控制病毒、抑制病毒，让病毒复制减少。甚至在血里检测不到，来减轻肝细胞的坏死，阻止肝硬化的发生，甚至肝癌的发生。
现在已经有很大量的数字证明，通过抗病毒治疗，可以减低肝硬化还有肝癌的发生。比较有名的临床数据就是来自台湾，对一千多例病人长期应用拉米夫定抗病毒治疗以后，观察十几年以后不用抗病毒跟抗病毒的人群比较出来的结果。发现用拉米夫定治疗的病人，肝癌的发生率跟肝硬化的发生率，都远远要低于没有抗病毒治疗的病人。
目前乙肝抗病毒的目标，并不是要根除乙肝。而是控制病毒，减少肝脏的损伤，然后降低或者阻止肝硬化、肝癌的发生。
