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儿童的矮小症主要根据病因进行治疗，有些孩子是因为内分泌疾病引起的矮小，比如生长激素缺乏，就要进行生长激素注射治疗；有些孩子的矮小是因为甲状腺功能减退引起的，就要吃左甲状腺素钠进行治疗；有些孩子是因为肾上腺肿瘤引起的矮小，就要进行肿瘤的治疗；有些孩子是因为代谢性疾病，比如肝脏的疾病、肾脏的疾病还有其它的全身疾病，就要根据病因进行治疗。
除了病因治疗之外，还有普通的治疗，比如孩子要早睡觉。生长激素的分泌高峰一般是在晚上的十一点到凌晨的四点，所以我们都要求孩子尽量在晚上十点之前上床睡觉，在十一点前能够达到深睡眠。还要均衡饮食，尽量在营养师的指导下进行。其次，有些孩子有心理障碍，要进行心理的辅导。
另外，矮身材的孩子要加强运动，在身体能代受的情况下进行弹跳运动，比如跳高、跳绳、摸高、打篮球等等。还有些孩子要进行辅助的治疗，比如孩子缺锌、缺钙、缺铁、铅过高，都要进行相应的补锌、补钙、补铁、排铅治疗。
