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肛门直肠畸形手术，术后并发症跟疾病类型、手术方式、手术医师水平有关，其中最常见的并发症为肛门直肠回缩，直肠回缩容易造成肛门糜烂、肛门狭窄、瘢痕，可能需要再次手术。
其次可能会出现直肠脱垂，因为过多直肠出来或者肛门肌肉破坏比较明显，肌肉对直肠牵拉作用减弱，家长明显可以看到直肠粘膜翻出，如果小孩在玩耍或者长时间坐着容易造成出血，需要再次手术纠正。
因为所有闭肛对男性都合并直肠尿道瘘或是直肠尿道瘘损伤尿道，造成尿道狭窄，需要手术处理。
最少见的并发症即为肛门闭锁对尿道和神经破坏比较明显，造成术后尿失禁，肛门闭锁一次肛门成形比较关键，术前需要小心谨慎选择，做好充分术前准备，如果肛门闭锁手术完成，再次手术效果明显转差，因为肛门闭锁最重要的是控制大便能力。
控制大便能力主要因素包括肛门周围肌肉即括约肌、肛门周围神经，肌肉和神经破坏基本不可逆，手术第一期肛门成形是最关键，建议医生、家长肛门成形术前需要谨慎，做好充分术前准备。
