肥厚型心肌病的预后情况因人而异，受遗传、症状严重程度、心脏功能、并发症及治疗方式等多重因素影响。
携带特定基因突变（如肌小节蛋白基因突变）的患者，心脏性猝死等不良事件风险较高，预后相对较差。症状方面，出现心力衰竭、严重心律失常或左心室流出道梗阻的患者，预后通常不理想，因心脏泵血功能受损或猝死风险增加。心脏功能越差，预后越不乐观。并发症如心律失常、心力衰竭等会进一步恶化预后。
及时有效的治疗可显著改善预后，包括药物治疗（如普萘洛尔、硝苯地平等）、生活方式调整（如避免剧烈运动、戒烟限酒）及必要时手术治疗（如室间隔切除术）。无症状或症状轻微且规范管理的患者，预后较好，能维持较高生活质量；而症状严重或治疗不及时的患者，可能进展为终末期心力衰竭，预后较差。
