宫颈纳氏囊肿由宫颈生理性变化致新生鳞状上皮覆盖腺管口使分泌物引流受阻潴留形成且慢性炎症可加重其形成，子宫内膜囊肿中异位子宫内膜种植卵巢随月经周期反复出血积聚形成，激素水平、遗传、免疫功能异常等对子宫内膜异位症相关囊肿有影响且少数与先天发育异常等少见因素有关。
一、宫颈纳氏囊肿形成机制
宫颈纳氏囊肿主要由宫颈的生理性变化引发，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，致使腺管口被阻塞，进而使腺体分泌物引流受阻、潴留，逐渐形成囊肿。此外，慢性炎症等因素会进一步加重腺管口的阻塞情况，促使囊肿形成。
二、子宫内膜囊肿形成机制
1.子宫内膜异位症相关囊肿：当异位的子宫内膜种植在卵巢表面并生长时，会随着月经周期出现反复出血现象，血液积聚在卵巢内逐渐形成囊肿。女性体内的激素水平变化（如雌激素、孕激素等）对子宫内膜异位症的发生发展有重要影响，同时遗传因素、免疫功能异常等也可能参与其中，增加子宫内膜异位种植并形成囊肿的风险。
2.其他少见情况：极少数情况下可能与先天发育异常等因素有关，但相对较为罕见。
