长期便秘对人体多方面有不良影响，包括对肠道健康可使肠道微生态失衡、影响消化吸收等，对心血管系统可诱发心血管急症，对心理健康会致焦虑抑郁等不良情绪，对肛肠局部可引起肛裂、痔疮等疾病，儿童和老年人受影响更甚。
对心血管系统的潜在危害
便秘时，患者排便需要用力屏气，这会使腹压升高，血压骤升，对于本身有高血压、冠心病等心血管疾病的人群来说，可能诱发心绞痛、心肌梗死或脑血管意外等严重心血管事件。比如，有临床观察发现，在冬季等排便困难高发季节，因便秘诱发心血管急症的患者数量有所增加。老年人血管弹性较差，血压调节能力相对较弱，更易在便秘用力排便时出现心血管意外；年轻人群如果本身有心血管基础疾病风险因素，长期便秘也会增加心血管事件发生的风险。
对心理健康的不利影响
长期便秘会给患者带来身体上的不适，如腹胀、腹痛等，还会因为排便困难产生焦虑、抑郁等不良情绪。有心理研究表明，便秘患者中出现抑郁、焦虑状态的比例明显高于正常人群。儿童长期受便秘困扰可能会出现情绪烦躁、抵触排便等情况，影响其心理发育；老年人由于身体机能下降，对便秘带来的不适更敏感，容易产生负面情绪，进而形成恶性循环，加重便秘症状。
对肛肠局部的损害
便秘可引起肛裂、痔疮等肛肠疾病。干结的粪便在排出过程中容易擦伤肛管皮肤，导致肛裂，出现排便时疼痛、便血等症状；长期便秘导致腹压增高，易引发痔疮，使痔疮病情加重，出现便血、痔核脱出等情况。儿童由于肛周组织较为娇嫩，便秘时更易发生肛裂等问题；老年人本身可能存在肛肠组织退行性变，便秘会进一步加重肛肠局部的损伤风险。
