肠镜检查存在多种风险，包括出血风险（凝血功能障碍者出血风险增加）、穿孔风险（肠道狭窄粘连、老年人、有腹部手术史者穿孔风险高）、感染风险（肠镜设备消毒不彻底、免疫力低下者感染风险大）、腹痛腹胀风险（检查注气及操作刺激所致，肠道蠕动功能差者持续时间长）、心血管事件风险（有心血管基础疾病者易诱发）。
一、出血风险
肠镜检查过程中可能会发生出血情况。例如，在进行活检或者息肉切除等操作时，就有可能导致肠道黏膜出血。一般来说，小的出血可能会自行停止，但如果出血较多则需要进一步处理。对于有凝血功能障碍的患者，如患有血友病等疾病的人群，出血风险会显著增加，因为他们自身的凝血机制存在问题，难以像正常人那样使出血部位及时止血。
二、穿孔风险
肠道穿孔是肠镜检查较为严重的风险之一。当肠镜进入肠道时，操作不当可能会导致肠道穿孔。比如，肠道存在狭窄、粘连等病变时，操作难度增大，穿孔的风险就会升高。老年人肠道功能可能发生变化，肠道壁相对薄弱，穿孔风险也相对较高；有腹部手术史的患者，肠道可能存在粘连情况，也会增加穿孔的可能性。
三、感染风险
虽然肠镜检查是相对清洁的操作，但仍存在感染的可能。如果肠镜设备消毒不彻底，就有可能将病菌传播给受检者，引发肠道或者全身感染。对于一些免疫力低下的人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，感染的风险会大大增加，因为他们的身体抵抗力较弱，容易受到病菌的侵袭。
四、腹痛腹胀风险
检查后部分患者可能会出现腹痛、腹胀的情况。这是因为检查过程中向肠道内注入了一定量的气体，使肠道扩张，检查结束后气体吸收需要一定时间，或者操作对肠道黏膜有一定刺激，从而引起腹痛腹胀。一般来说，这种情况会在短时间内缓解，但对于本身有肠道疾病导致肠道蠕动功能较差的患者，如患有肠梗阻恢复期的患者，腹痛腹胀可能会持续较长时间且相对更明显。
五、心血管事件风险
对于本身有心血管基础疾病的患者，如患有冠心病、高血压等疾病的人群，肠镜检查可能会诱发心血管事件。因为检查过程中的紧张情绪、肠道充气等因素可能会影响心血管系统的稳定，导致血压波动、心率变化等，进而增加心肌缺血、心律失常等心血管事件的发生风险。例如，高血压患者在检查时如果紧张或者肠道充气导致腹压升高，可能会使血压进一步升高，加重心脏负担。
