肛周脓肿治疗方案依情况定，早期脓肿小未化脓部分可非手术治疗但需密切观察，脓肿形成多数需手术且时机关键，儿童、女性、有基础疾病人群治疗各有需注意之处。
早期脓肿较小且未化脓时：部分患者可先尝试非手术治疗。比如，使用抗生素抗感染治疗，可根据脓液细菌培养及药敏试验结果选择敏感抗生素。但需密切观察病情变化，如果脓肿范围没有缩小反而扩大，或病情加重，则需及时手术。
脓肿形成后：多数情况需要手术治疗。手术的主要目的是切开引流，排出脓液。例如，单纯性肛周脓肿可行脓肿切开引流术；对于位置较深的脓肿，可能需要行一次性根治术等。手术时机很关键，若延误手术，脓肿可能向周围蔓延，引起更严重的感染，如形成肛瘘等并发症。
不同人群的情况需注意
儿童：儿童肛周脓肿相对较为特殊，由于儿童身体机能和耐受能力与成人不同，在治疗时需更谨慎。一方面，抗生素的使用要考虑儿童的年龄、体重等因素，选择合适的抗生素种类及剂量；另一方面，手术时要注意操作的精细程度，减少对儿童身体的损伤，术后护理要特别关注创面的清洁和愈合情况，因为儿童活动相对较多，需要防止创面感染等并发症。
女性：女性肛周脓肿患者在治疗中需考虑生理特点，如经期时手术可能需要调整时间安排，以避免对月经周期等产生不良影响；在术后恢复期间，要注意会阴部的卫生护理，防止妇科感染与肛周脓肿术后恢复相互影响。
有基础疾病人群：对于本身有糖尿病等基础疾病的肛周脓肿患者，治疗时要更加重视。因为糖尿病患者血糖控制不佳会影响伤口愈合，所以需要积极控制血糖，在使用抗生素等治疗的同时，要密切监测血糖变化，手术前后要采取措施预防感染加重等情况。
