原发性肝癌的病因尚未清楚，可能肝病、家族史及遗传因素、其它危险因素等相互协同的结果，分析如下：
肝病
若患者本身患有肝硬化、病毒性肝炎、酒精性肝病、非酒精性脂肪性肝病等肝病，易增加原发性肝癌的发病概率。
家族史及遗传因素
若家族中存在原发性肝癌的患者，处在同一家族中的人群患有原发性肝癌风险较大。
其它危险因素
若患者长期进食受到黄曲霉素污染的食物，或者长期接触某些化学物质，如亚硝胺类、有机氯农药等，也易诱发原发性肝癌。
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