炎症性肠病的病因尚未明确，可能与免疫因素、遗传因素、肠道菌群失调等有关。
1、免疫因素
实验室检查患者的体液免疫和细胞免疫均有异常，因此考虑可能是免疫调节功能障碍，导致肠道黏膜持续炎症，屏障功能损伤引起的。
2、遗传因素
炎症性肠病发病可呈家族史聚集，有家族史的人群发病率会明显升高。
3、肠道菌群失调
炎症性肠病患者肠道菌群与正常人不同，发病可能与肠道内菌群种类、数量和功能紊乱相关。
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