乳糖不耐受病因有先天性乳糖酶不足、发育性乳糖酶不足、原发性乳糖酶不足、继发性乳糖酶不足等。
1、先天性乳糖酶不足
即患儿出生时就存在乳糖酶活性低下、不足的情况，多为常染色体隐性遗传。
2、发育性乳糖酶不足
通常和分娩时胎龄、出生时体重密切相关，一般胎龄越小、出生时体重越低，越容易发生乳糖不耐受。
3、原发性乳糖酶不足
即出生时乳糖酶正常，乳糖酶活性随着年龄的增长而逐渐下降。
4、继发性乳糖酶不足
患有感染性腹泻、克罗恩病、慢性胃肠炎症等疾病，容易损伤肠道黏膜，引发乳糖不耐受。
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