直肠子宫内膜异位症的发病机制尚未完全明确，可能与遗传因素、免疫因素、炎症因素等有关。
1、遗传因素
子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性，某些患者发病与遗传有关。如果母亲患有子宫内膜异位症，女儿发生盆腔子宫内膜异位症、直肠子宫内膜异位症的概率会增加。
2、免疫因素
月经期间随着经血逆流的子宫内膜会激活身体的免疫系统，如果体内免疫系统异常，无法将异位的子宫内膜消除，可能会发展成直肠子宫内膜异位症。
3、炎症因素
腹腔液中与炎症相关的因子，如炎性细胞因子、巨噬细胞等增加时可引发直肠子宫内膜异位症。
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