直肠子宫内膜异位症的治疗方式有期待治疗、药物治疗、手术治疗等。
1、期待治疗
症状轻或没有症状的轻微病变者可以不采取任何治疗措施，选择期待治疗，观察疾病发展状况。
2、药物治疗
疼痛症状明显的患者可以遵医嘱使用非甾体类抗炎药抑制前列腺素合成，减轻疼痛，常用的药物有萘普生、布洛芬、吲哚美辛等。轻中度直肠子宫内膜异位症痛经明显或明显不孕的患者，可以使用达那唑、布舍瑞林、亮丙瑞林、曲普瑞林等药物通过假绝经疗法治疗，也可以使用孕三烯酮、米非司酮等药物使异位内膜萎缩。
3、手术治疗
药物治疗后症状没有改善、局部病变加重的患者可以通过手术切除病变肠段，小种植病灶可行肿块切除术处理。
