先天性巨结肠一般无法进行有效地预防。
先天性巨结肠属于先天性畸形疾病，其发生的原因通常是由于基因突变所致，在胚胎发育的第6-12周，已经发生肠神经发育停滞，使肠神经元缺如，并造成排便功能障碍，无法对其进行有效的治疗，并且在进行孕前或孕期检查的时候不能够准确发现遗传基因以及相关疾病，所以先天性巨结肠通常无法进行有效地预防。但是母亲在怀孕期间通过适当地锻炼、加强营养摄入、避免接触有害物质以及定期去医院做产前检查，对于自身以及胎儿的健康都有一定益处。
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