先天性巨结肠的病因一般包括胚胎发育异常、基因遗传、肠壁微环境异常等。
1、胚胎发育异常
在胚胎发育第6-12周左右，肠神经迁移发育，当受到母体炎症刺激、药物等因素的影响，可导致发育停滞，使直肠、乙状结肠肠壁肌间神经节缺如，从而引起肠道痉挛，导致排便功能障碍。
2、基因遗传
先天性巨结肠病有一定的遗传性，受10号染色体长臂基因和内皮素-B受体基因的影响，家族中长辈患有该疾病时，后代患病的概率会相对增加。
3、肠壁微环境异常
肠道微环境的改变可导致先天性巨结肠，比如神经胶质细胞衍化亲神经营养因子、神经生长因子、神经细胞粘附因子的异常。
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