真菌性食管炎的诊断方法有实验室检查、影像学检查、其他检查等。
一、实验室检查
1、血常规检查
患者进行血常规检查时，可发现血液中的中性粒细胞减少，提示其可能存在真菌感染的情况。
2、血清学试验
患者进行血清学试验时，能够在血清中发现致病菌的抗原，出现抗体滴度水平升高的情况。
二、影像学检查
患者进行食管X线钡剂检查时，可见食管黏膜粗乱、呈颗粒状。慢性病变可引起食管节段性狭窄，需要与食管癌进行鉴别诊断。病变晚期，患者的食管黏膜表现为结节状，钡柱外观出现卵石样病变。若食管X线钡剂检查结果显示正常，也不能排除白色念珠菌感染引起的真菌性食管炎。
三、其他检查
1、食管镜检查
进行食管镜检查时，可在食管镜下看到充血、水肿、糜烂、溃疡性病变的食管黏膜，黏膜表面有白色斑点或假膜覆盖时，可以确诊真菌性食管炎。
2、真菌涂片检查
对病变的组织进行真菌涂片检查时，能够发现真菌菌丝，明确感染。
3、组织活检
对病变的食管黏膜进行组织活检时，若发现菌丝侵入上皮，则可以确诊疾病。
