畸形精子症可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗、其他治疗等方式处理。
1、一般治疗
男性需要控制体重，有吸烟、酗酒史的男性需要戒烟戒酒，保证饮食丰富多元化，适当参加运动。
2、药物治疗
患者可以在医生指导下使用维生素C、谷胱甘肽、乙酰半胱氨酸等抗氧化药物提高精子浓度、活动力、改善精子形态。其次，还可以使用左卡尼汀，促进睾丸内脂肪酸的转运，提升精子能量代谢。如果是因为精索静脉曲张造成的，可以使用七叶皂甘类、胰激肽原酶等药物改善睾丸及附睾的血液循环，促进睾丸的生精功能。泌尿生殖系统感染导致的精子畸形则可以根据病原学诊断结果，选用敏感的抗生素类药物治疗，如青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类等。
3、手术治疗
睾丸下降异常者，可以在18月龄前接受睾丸下降固定术处理。精索静脉曲张者可以通过显微镜下精索内静脉结扎术改善精子发生及精液质量。
4、其他治疗
可以通过人工授精、体外受精-胚胎移植技术、卵浆内精子显微注射等方式达到使配偶受孕的目的。
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