慢性肠炎可通过一般治疗、药物治疗、中医治疗等方式治疗。
1.一般治疗
对于不同年龄、性别的慢性肠炎患者，均需避免食用辛辣、油腻、刺激性食物以及生冷食物，如辣椒、油炸食品、冰淇淋等。还需规律进食，少食多餐，避免暴饮暴食，这有助于维持肠道正常的消化吸收功能，减少对肠道的刺激。
2.药物治疗
益生菌类药物，如双歧杆菌等，益生菌可以调节肠道菌群平衡，改善肠道微生态环境。止泻药物，如蒙脱石散，当慢性肠炎患者出现腹泻症状时可使用。调节肠道运动药物，如曲美布汀等，这类药物可以调节肠道的运动功能，对于肠道蠕动过快或过慢引起的慢性肠炎相关症状有一定的调节作用。
3.中医治疗
对于慢性肠炎，中医有多种方剂。例如脾胃虚弱型可选用参苓白术散加减，其具有健脾益气、化湿止泻的功效。针灸可以通过刺激特定穴位来调节肠道功能。例如针刺天枢、足三里等穴位，对于慢性肠炎有一定的治疗作用。推拿按摩腹部等方法也可促进肠道蠕动，缓解肠炎症状。
