空腹和餐后服用益生菌情况不同，健康成年人空腹服用受胃酸影响相对较小但胃部不适人群不宜，多数人餐后半小时左右服较宜且不同益生菌有差异，儿童餐后服更安全，老年人餐后服可助益生菌达肠道但患糖尿病等需谨慎。
一、空腹状态下
（一）特定人群情况及原因
对于健康成年人而言，在空腹时服用益生菌，胃酸对其的影响相对较小。因为益生菌的外层一般有多糖蛋白复合物形成的保护层，在空腹且胃酸分泌相对稳定的情况下，保护层能较好地抵御胃酸的侵蚀，使更多的益生菌顺利到达肠道发挥作用。例如，有研究表明，健康成人空腹服用特定益生菌制剂后，肠道内益生菌的定植数量相对较多。但对于本身胃酸分泌过多或者有胃部基础疾病的人群，如患有胃溃疡、胃炎等疾病的患者，空腹服用可能会引起胃部不适，因为胃酸的刺激可能会加重胃部的不适症状，这类人群不建议空腹服用益生菌。
二、餐后状态下
（一）一般人群情况及原因
餐后服用益生菌是比较常见的方式。餐后胃酸被部分食物中和，胃酸浓度降低，能减少对益生菌的破坏。比如，进食后胃内有食物缓冲，胃酸环境得到改善，益生菌在通过胃部时受到的胃酸影响减小，更有利于到达肠道。对于大多数人来说，餐后半小时左右服用益生菌较为适宜。不过，不同种类的益生菌可能略有差异，一些研究显示，某些对胃酸耐受性稍差的益生菌菌株，餐后立即服用可能效果更好，因为此时胃内还有一定量的食物，能进一步缓冲胃酸。
（二）特殊人群情况及原因
对于儿童群体，由于儿童的消化系统发育尚未完全成熟，餐后服用益生菌相对更安全。例如，幼儿在进食后服用益生菌，可减少胃酸对益生菌的伤害，同时食物的存在也能让益生菌更好地在肠道内定植。而对于老年人，老年人的胃酸分泌可能会减少，但是其消化功能也可能存在一定程度的衰退，餐后服用益生菌可以借助食物的帮助，让益生菌更顺利地到达肠道发挥调节肠道菌群的作用。不过，老年人如果同时患有糖尿病等疾病，在选择餐后服用的时间和益生菌种类时需要谨慎，要考虑到食物对血糖等指标的影响，比如选择不含过多糖分的益生菌制剂，并且根据自身血糖情况合理安排餐后服用的时间，避免因食物摄入导致血糖波动过大。
