益生菌可调节肠道菌群平衡、增强肠道屏障功能、改善消化系统功能、增强免疫力及对特定疾病有辅助作用，如调节菌群平衡、促上皮细胞增殖修复、产消化酶助吸收、刺激免疫细胞等，对过敏反应可能有缓解作用，对代谢综合征可能有改善作用但需更多研究证实。
益生菌能够在肠道内定植，通过与有害菌竞争定植位点、营养物质等方式，维持肠道菌群的平衡。例如，双歧杆菌和乳酸杆菌等常见益生菌，能抑制肠道内有害菌如大肠杆菌、沙门氏菌等的过度繁殖，有助于预防和改善腹泻、便秘等肠道功能紊乱问题。多项研究表明，摄入特定的益生菌制剂可以显著调节肠道菌群的组成，使有益菌的比例增加，有害菌的比例降低。
增强肠道屏障功能
益生菌可以通过多种途径增强肠道屏障功能。一方面，益生菌能够促进肠道上皮细胞的增殖和修复，维持肠道黏膜的完整性。另一方面，益生菌可以刺激肠道分泌黏液，黏液作为肠道的物理屏障，能阻挡病原体和有害物质的入侵。例如，研究发现益生菌可以增加肠道黏液蛋白的分泌，加强肠道对有害物质的屏障作用，从而降低肠道感染性疾病的发生风险。
改善消化系统功能
促进消化吸收：益生菌可以产生一些消化酶，帮助分解食物中的碳水化合物、蛋白质和脂肪等，从而促进营养物质的消化吸收。比如，乳酸杆菌能产生乳糖酶，有助于乳糖不耐受人群消化乳糖。
缓解消化不良症状：对于因消化不良导致的腹胀、腹痛、嗳气等症状，益生菌有一定的改善作用。临床研究显示，补充益生菌后，患者的消化不良症状评分明显降低，消化功能得到改善。
增强免疫力
调节免疫细胞功能：益生菌可以刺激肠道相关淋巴组织，促进免疫细胞的活化和增殖。例如，益生菌能增加肠道内免疫球蛋白A（IgA）的分泌，IgA是参与黏膜免疫的重要抗体，能抵御病原体在肠道黏膜表面的附着和入侵。
影响全身免疫系统：益生菌还可以通过调节细胞因子的分泌等方式，影响全身免疫系统的功能。研究发现，摄入益生菌后，机体的一些免疫相关细胞因子水平会发生变化，从而增强机体的免疫力，降低感染性疾病的易感性，尤其对儿童、老年人等免疫力相对较弱的人群有重要意义。儿童适当补充益生菌有助于增强自身免疫力，减少呼吸道和肠道感染的发生；老年人补充益生菌则可在一定程度上维持较好的免疫状态，降低患病风险。
对特定疾病的辅助作用
缓解过敏反应：一些研究表明，益生菌可能对过敏反应有一定的缓解作用。例如，对于过敏性鼻炎、过敏性皮炎等过敏性疾病，特定的益生菌菌株可能通过调节免疫平衡，减少过敏介质的释放，从而减轻过敏症状。不过，这方面的机制还在进一步研究中，不同的过敏情况可能对益生菌的反应存在差异。
改善代谢综合征：在代谢综合征方面，益生菌可能通过影响肠道菌群与代谢的关系来发挥作用。有研究发现，某些益生菌可以调节机体的能量代谢、脂质代谢等，有助于改善肥胖、高血脂、高血糖等代谢综合征相关指标。但这需要长期的干预和更多的临床研究来进一步证实其确切效果。
