肛窦切除术后可能存在短期局部并发症、肛门狭窄、肛门功能影响、创面愈合延迟及特殊人群风险等危害，规范手术及护理可降低风险。
术后短期局部并发症：疼痛发生率约30%~50%，因肛门神经末梢密集，创面愈合初期排便刺激或炎症反应引发疼痛，可通过温水坐浴、局部冷敷缓解；出血多因创面未完全愈合时排便摩擦或结扎线脱落，出血量少可观察，持续出血需就医；感染发生率约2%~8%，多因术后清洁不足或基础疾病（如糖尿病）导致，表现为红肿、渗液，需抗生素干预。
肛门狭窄风险：与手术切除范围相关，切除范围过大可能损伤肛门正常组织，导致瘢痕挛缩，发生率约1%~5%。儿童患者因肛门结构娇嫩，术后狭窄风险更高，需严格控制切除范围，术后定期评估排便情况，必要时进行扩肛治疗。
肛门功能影响：高位肛窦切除若损伤内括约肌，可能影响排气或稀便控制，发生率约0.5%~2%。长期便秘患者术前需评估肛门静息压，避免过度切除导致肌肉功能受损，术后可进行盆底肌训练改善症状。
创面愈合延迟：糖尿病、免疫功能低下人群愈合时间较常人延长2~3倍，术前需控制血糖，术后监测创面肉芽生长情况，必要时局部使用生长因子促进愈合。
特殊人群风险：儿童患者需避免损伤肛门发育中的肌肉结构，老年患者因基础疾病多，感染风险增加，需术前评估心肺功能及基础病控制情况；女性患者月经期间或妊娠期建议延期手术，降低感染风险。术后3个月内需避免久坐、辛辣饮食，保持排便通畅，减少创面刺激。
