急性扁桃体炎一般是由病原体感染引起的，包括乙型溶血性链球菌、非溶血性链球菌、葡萄球菌、腺病毒、鼻病毒、单纯性疱疹病毒等。
正常人咽部或扁桃体隐窝内可能存在某些病原体，在身体防御能力正常时不会致病，但由于气温降低、季节交替、过度劳累、烟酒过度等因素导致机体或局部抵抗力下降，病原体可大量繁殖并侵入扁桃体，比如乙型溶血性链球菌、非溶血性链球菌、葡萄球菌、腺病毒、鼻病毒、单纯性疱疹病毒等，从而引起急性扁桃体炎。同时，这类病原体具有传染性，可通过飞沫或直接接触而传染。
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