枕骨大孔疝可以分为先天性枕骨大孔疝、获得性枕骨大孔疝，两者病因并不相同，具体如下：
1.先天性枕骨大孔疝
若是男性本身就存在颅脑发育异常和先天性脑积水的情况，可能会出现颅内压增加导致小脑扁桃体下移的情况，从而有先天性枕骨大孔疝的病症发生。
2.获得性枕骨大孔疝
在临床上研究显示若是患有颅脑损伤、急性脑血管疾病、颅内肿瘤、颅内感染可能会出现颅内组织异常，增加枕骨大孔疝的概率。
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