肛门闭锁可以通过体格检查、尿常规、超声检查、磁共振成像等来诊断，具体如下：
1、体格检查
医生可对婴儿进行体格检查，如果肛门无开口，出现暗蓝色薄膜或者瘘口，考虑为肛门闭锁。
2、尿常规
患儿做尿常规，如果在尿沉渣中发现角化上皮细胞，提示合并直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘。
3、超声检查
正常盆底软组织在超声检查中表现为非均匀强回声。如果患儿做此检查出现低回声，则提示肛门闭锁。
4、磁共振成像
此检查可区分直肠末端肠壁以及胎粪，判断闭锁的位置。
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