肛门闭锁可以通过手术治疗、药物治疗、日常生活管理等来处理，具体如下：
1、手术治疗
对于会阴瘘、低位无瘘的肛门闭锁，可以行会阴肛门成形术进行治疗。对于直肠尿道瘘、较高位置无瘘肛门闭锁，可以做后矢状入路肛门直肠成形术来治疗。如果新生儿高位肛门闭锁，应行结肠造瘘术来治疗，在三个月后再行根治手术治疗。
2、药物治疗
患者术后可以遵医嘱使用抗生素，比如头孢呋辛、头孢拉定、青霉素等，预防术后感染。
3、日常生活管理
家长需要注意孩子肛门处清洁卫生，积极进行肛门局部功能锻炼，以改善预后。
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