睾丸囊肿成因复杂，常见因素有精液淤积（输出管道部分梗阻致精液积聚形成囊肿，青壮年多见，与炎症、损伤致管道狭窄或堵塞有关）、炎症刺激（睾丸、附睾炎症影响生理环境，长期刺激增加囊肿风险，如细菌感染引发的附睾炎等）、睾丸附睾退行性变（随年龄增长出现退行性变化，老年人发病几率增加）、外伤（阴囊外伤致睾丸附睾组织受损，修复过程中可能形成囊肿，有明确阴囊外伤史者需考虑）。
精液淤积：睾丸的输出管道如果出现部分梗阻，就可能导致精液淤积，进而形成囊肿。例如，附睾管等结构的梗阻会使精液无法正常顺畅排出，长时间的积聚就有可能形成囊肿。这种情况在青壮年男性中相对较为常见，可能与局部的炎症、损伤等因素导致管道狭窄或堵塞有关。
炎症刺激：睾丸、附睾的炎症会影响局部的正常生理环境。比如附睾炎，炎症会引起组织的充血、水肿以及细胞的浸润等改变，长期的炎症刺激可能会导致管道的结构和功能发生异常，从而增加睾丸囊肿形成的风险。一些病原体感染，如细菌感染引起的附睾炎等，都可能引发相关的炎症反应。
睾丸附睾的退行性变：随着年龄的增长，睾丸附睾会出现一定程度的退行性变化。细胞的代谢功能、组织结构等方面都会发生改变，这可能导致局部出现一些异常的囊性病变。老年人相对来说发生睾丸囊肿的几率可能会有所增加，就是与这种生理性的退行性变有一定关系。
外伤：阴囊部位受到外伤，如撞击等，可能会导致睾丸附睾的组织受损，引起局部的出血、渗出等情况，后续修复过程中可能形成囊肿。这种情况在有明确阴囊外伤史的人群中需要考虑，外伤导致的局部组织损伤后的修复异常可能是囊肿形成的一个诱因。
