肛门内溃疡考虑是肛裂、梅毒或者白塞综合征，肛裂可以外用美辛唑酮红古豆醇酯栓缓解症状，局部涂抹马应龙痔疮膏，梅毒的治疗主要是青霉素注射，白塞综合征的发病除了肛周，可伴随口腔、眼部破溃，治疗上需要激素和免疫抑制剂。明确是否伴随肠道溃疡，完善结肠镜检查，肠道溃疡正常克罗恩病、溃疡性结肠炎，溃疡性结核的可能较大，前两者多伴随腹泻、腹痛或者黏液、脓血。后者可伴随低热、乏力、盗汗，病理上大多可以明确，治疗上主要以氨基水杨酸制剂为主，正常用美沙拉嗪、保留灌肠和抑制分泌的药物，如奥美拉唑，同时配合调理肠道菌群，后者主要是抗结核治疗。
