自身免疫性肝病可以通过体格检查、肝生化检查、免疫学检查、影像学检查、病理学检查等来诊断，具体如下：
1、体格检查
医生可对受检者做体格检查，如果存在肝脾肿大、腹部压痛、黄疸、腹水等体征，考虑自身免疫性肝病的可能性较大。
2、肝生化检查
自身免疫性肝炎做肝生化检查，可见谷草转氨酶、谷丙转氨酶轻中度升高。原发性胆汁性胆管炎、原发性硬化性胆管炎可见谷氨酰转肽酶、血清碱性磷酸酶升高，进展期还可见胆红素升高。
3、免疫学检查
受检者做免疫学检查，有助于诊断疾病，还能够判断自身免疫性肝病的类型。自身免疫性肝炎可检测到抗平滑肌抗体、抗核抗体，可见血清免疫球蛋白G升高。部分原发性胆汁性胆管炎患者可检测到抗线粒体抗体，并且免疫球蛋白M水平升高。
4、影像学检查
受检者可以做磁共振胰胆管造影，其是原发性硬化性胆管炎的金标准。受检者还可以做腹部超声、磁共振成像、CT检查等，排除肝胆系统结石、肿瘤。
5、病理学检查
通过肝脏穿刺取少量肝脏组织，在显微镜下观察，能够判断组织病变的程度、类型，还可以鉴别肝损伤的原因。
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