甲状腺功能低下对全身多系统有不良影响，包括使机体代谢率降低致体重增加等代谢问题，影响心血管系统致心动过缓等，影响消化系统致胃肠蠕动减慢等，损害神经系统致儿童呆小症等，干扰内分泌系统，影响呼吸系统致呼吸浅慢等，对儿童、孕妇、老年人等特殊人群有特殊危害。
对心血管系统的危害
甲状腺功能低下会影响心血管系统的功能。心脏方面，患者可能出现心动过缓，正常心率范围是60~100次/分钟，甲状腺功能低下患者心率可能低于60次/分钟。同时，心输出量减少，心脏泵血功能下降，导致全身组织器官的血液灌注不足。长期的甲状腺功能低下还可能引发心包积液，这是因为甲状腺激素缺乏导致机体的黏液性水肿可波及心包，使心包腔内出现过多的液体聚集。据相关研究统计，约有10%~30%的甲状腺功能低下患者会出现心包积液的情况，严重时会影响心脏的正常搏动和血液回流。
对消化系统的影响
甲状腺功能低下对消化系统也有不良作用。胃肠道蠕动减慢，患者常出现便秘症状，这是由于胃肠平滑肌张力减退、蠕动缓慢，食物在胃肠道内通过的时间延长，水分被过度吸收，导致大便干结、排出困难。而且患者的食欲往往会减退，因为甲状腺激素缺乏影响了消化腺的分泌功能，使消化酶的分泌减少，消化功能减弱，从而导致患者进食量减少。长期的食欲减退和便秘还可能影响患者的营养状况，导致营养不良等问题。
对神经系统的损害
在神经系统方面，甲状腺功能低下会导致患者出现神经系统的症状。儿童时期如果发生甲状腺功能低下，会严重影响神经系统的发育，导致智力低下、身材矮小，即呆小症。这是因为甲状腺激素对神经系统的发育至关重要，它参与神经细胞的增殖、分化以及髓鞘的形成等过程。对于成年人，甲状腺功能低下会引起记忆力减退、嗜睡、反应迟钝等表现，患者的神经反射也会变得迟钝，比如膝跳反射等浅反射和深反射都会减弱。研究表明，甲状腺功能低下患者的大脑皮质兴奋性降低，神经传导速度减慢，从而出现上述一系列神经系统的异常表现。
对内分泌系统的干扰
甲状腺功能低下会干扰内分泌系统的平衡。对性腺方面，女性患者可能出现月经紊乱，表现为月经量增多、经期延长等；男性患者可能出现性功能减退等问题。这是因为甲状腺激素与性腺激素的分泌和调节有着密切的关系，甲状腺功能低下会影响下丘脑-垂体-性腺轴的正常功能。对肾上腺皮质功能也有影响，甲状腺功能低下时，患者的肾上腺皮质功能相对减退，糖皮质激素的分泌可能减少，进一步影响机体的应激能力等。
对呼吸系统的影响
在呼吸系统方面，甲状腺功能低下患者可能出现呼吸浅慢的情况，这是由于代谢率降低，机体对氧气的需求减少，呼吸中枢的兴奋性降低。严重的甲状腺功能低下可能会导致睡眠呼吸暂停综合征的发生风险增加，因为黏液性水肿可能累及上呼吸道，导致气道狭窄。同时，患者的肺活量也会降低，这是因为呼吸肌的力量减弱以及胸廓活动度减小等原因所致。
对特殊人群的特殊危害
儿童：儿童甲状腺功能低下如果不能及时诊断和治疗，除了会导致呆小症，影响智力和身体发育外，还可能影响骨骼的生长，导致骨龄落后，身材明显矮小于同龄人。而且儿童时期甲状腺功能低下对神经系统的损害是不可逆的，所以早期发现和治疗对于儿童的健康成长至关重要。
孕妇：孕妇如果患有甲状腺功能低下，会对胎儿的发育产生严重影响。胎儿的神经系统发育、骨骼发育等都依赖于甲状腺激素，孕妇甲状腺功能低下会导致胎儿在子宫内缺乏足够的甲状腺激素供应，可能引起胎儿智力发育障碍、生长受限等问题，增加早产、流产等不良妊娠结局的风险。
老年人：老年人甲状腺功能低下时，症状可能不典型，容易被忽视。但老年人甲状腺功能低下同样会影响心血管系统、消化系统等多个系统，而且可能会加重老年人原本存在的一些慢性疾病，比如加重冠心病、慢性阻塞性肺疾病等的病情。同时，老年人甲状腺功能低下还可能导致认知功能进一步下降，增加老年痴呆的发病风险等。
