牛黄上清丸有副作用，少数人服后会有胃肠道不适，如恶心、呕吐等，因含寒凉药物成分刺激胃肠黏膜；孕妇慎用，可能影响胎儿致流产；老年人耐受性和代谢力差，更易不适且恢复慢；儿童肝肾功能未全，需遵医用；脾胃虚寒者用后易不适，用药前要告知病史。
对于特殊人群来说，副作用的表现可能会有所不同。孕妇应慎用牛黄上清丸，因为其中的某些药物成分可能会对胎儿产生影响，增加流产等风险。老年人由于身体机能减退，对药物的耐受性和代谢能力下降，服用牛黄上清丸后出现胃肠道不适等副作用的可能性相对较高，且一旦出现不适症状，恢复可能相对较慢。儿童由于其肝肾功能尚未发育完全，服用牛黄上清丸后发生副作用的风险也需要特别关注，应避免随意服用，如需使用应在医生严格指导下进行。此外，有脾胃虚寒病史的人群服用牛黄上清丸后更容易出现胃肠道不适等副作用，这类人群在用药前应向医生充分告知病史，以便医生评估用药风险。
