功能性胃肠病临床上一般称为胃肠功能紊乱，胃肠功能紊乱可能是饮食不当、精神心理障碍、遗传因素、幽门螺杆菌感染、自主神经功能异常等原因引起的。
1.饮食不当
患者长期进食膳食纤维含量较少的食物时，其胃肠功能可能会受到影响，从而导致患者出现功能性便秘的情况;患者对某种食物不耐受时，可能会引发肠易激综合征。
2.精神心理障碍
患者长期处于抑郁、焦虑等不良情绪中时，可导致其出现肠-脑互动异常的情况，进一步引发胃肠功能紊乱。
3.遗传因素
肠易激综合征具有一定的家族遗传倾向性，家族中存在肠易激综合征的人群时，其患病的风险会增加。
4.幽门螺杆菌感染
患者发生幽门螺杆菌感染的情况时，可造成其胃肠功能出现异常，从而导致患者发生功能性消化不良的情况。
5.自主神经功能紊乱
患者发生自主神经功能紊乱的情况时，可引发肠易激综合征。患者自主神经的兴奋性增高时，可引起腹泻型肠易激综合征;自主神经兴奋性降低则可以引发便秘型肠易激综合征。
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