以下人群不适合接种9价HPV疫苗：对HPV疫苗成分过敏者，因过敏可能致严重过敏反应；孕期女性，为避免对胎儿潜在风险；正在发热人群，因可能影响疫苗效果、加重不适或干扰不良反应观察，需发热消退健康后再考虑接种。
处于孕期的女性
孕期女性的身体处于特殊的生理状态，此时接种9价HPV疫苗可能会对胎儿产生不良影响。目前虽然没有明确的大规模临床数据表明HPV疫苗一定会对胎儿造成致畸等严重后果，但从安全角度考虑，为了避免潜在的风险，孕期女性不建议接种9价HPV疫苗。如果在接种疫苗后发现怀孕，应停止后续接种，待分娩后再根据情况决定是否继续完成接种程序。
正在发热的人群
当人体处于发热状态时，机体的免疫系统处于相对应激的状态。此时接种9价HPV疫苗，可能会影响疫苗的免疫效果，也可能会加重发热等不适症状，还可能干扰对疫苗接种后不良反应的观察。一般建议在发热症状消退，身体恢复健康后再考虑接种9价HPV疫苗。例如，因感冒等原因发热的人群，需要等体温恢复正常，且感冒症状缓解后再进行接种。
