女性沙眼衣原体阳性严重程度分情况，短期有泌尿生殖系统症状及上行感染风险致盆腔炎等，长期可致不孕不育、不良妊娠结局，发现阳性需及时就医规范治疗，治疗期避免无保护性行为且性伴侣同检同治，有生育计划者更要积极治疗降低对生育影响。
短期影响
泌尿生殖系统症状：感染后短期内可能出现尿道不适、尿频、尿急、阴道分泌物增多等症状，分泌物可能呈脓性等异常性状，这些症状会影响患者的生活质量，导致排尿困难、日常活动受干扰等情况。例如，一些研究发现，约有一定比例的女性沙眼衣原体感染者会出现明显的泌尿生殖道局部炎症表现，影响其正常的工作和生活节奏。
上行感染风险：沙眼衣原体有可能上行感染至子宫、输卵管等部位，引起盆腔炎等疾病。盆腔炎会导致下腹部疼痛、腰骶部酸痛等，而且盆腔炎如果反复发作，可能会造成输卵管粘连、堵塞等，进而影响受孕，增加异位妊娠的发生几率。有数据表明，沙眼衣原体感染是导致女性盆腔炎的重要病原体之一，而盆腔炎与不孕不育及异位妊娠的发生密切相关。
长期影响
不孕不育：如果沙眼衣原体引起的输卵管炎症导致输卵管结构和功能受损，如输卵管狭窄、蠕动异常等，会阻碍精子和卵子的结合以及受精卵的运送，从而大大增加不孕的风险。长期的研究追踪显示，在因输卵管因素导致不孕的女性中，相当一部分有过沙眼衣原体感染史。
其他不良妊娠结局：孕妇如果感染沙眼衣原体，还可能引发不良妊娠结局，如早产、胎膜早破、新生儿眼炎或肺炎等。对于孕妇来说，感染沙眼衣原体不仅威胁自身健康，还会对胎儿或新生儿产生严重影响，需要特别重视。
女性一旦发现沙眼衣原体阳性，应及时就医，进行规范的治疗，以减少上述严重情况的发生风险。同时，在治疗期间要避免无保护性行为，性伴侣也需要同时接受检查和治疗，防止交叉感染。对于有生育计划的女性，更要积极治疗，降低对生育功能的影响。
