雷特综合症主要由X染色体上MECP2基因致病性突变引起呈X连锁显性遗传模式女性相对易发病该基因编码蛋白对神经系统发育功能至关重要突变致其结构功能异常影响神经发育引发症状且有性别和发育阶段影响目前主要基于MECP2基因异常解释病因。
基因因素
遗传方式：雷特综合症主要呈X连锁显性遗传模式，女性因为有两条X染色体，当其中一条X染色体上的MECP2基因发生突变时，有一定概率发病；而男性因为只有一条X染色体，若该染色体上的MECP2基因发生突变，病情往往较为严重，可能在胚胎期就出现问题或者出生后很快夭折。例如，女性携带者的子代中，儿子有50%的概率遗传到突变的X染色体而发病，女儿有50%的概率成为携带者。
基因功能：MECP2基因编码的甲基CpG结合蛋白2，在神经系统的发育和功能维持中起着关键作用。正常的MECP2蛋白参与调控基因的表达，对神经元的成熟、突触的形成和功能以及神经系统的正常生理活动至关重要。当MECP2基因发生突变后，会导致MECP2蛋白的结构和功能异常，进而影响神经系统的发育和功能，使得大脑的发育出现障碍，最终引发雷特综合症的一系列症状，如早期发育正常后出现头部生长减缓、语言发育停滞、手部刻板动作、社交障碍等表现。
其他相关因素
性别差异影响：由于基因遗传模式的关系，女性相对男性更易出现雷特综合症相关基因变异后的表现。女性在生长发育过程中，即使携带一个突变的MECP2基因，其临床表现也会因个体差异以及其他一些尚未完全明确的修饰因素而有所不同，但总体上会遵循X连锁显性遗传的大致规律。而男性因为基因的特殊性，患病情况更为严重且大多难以存活至较年长阶段。
发育阶段影响：雷特综合症通常在婴儿早期发育看似正常，但在6-24个月左右开始出现发育倒退等症状。这与神经系统在这个阶段的快速发育和功能完善密切相关，当MECP2基因异常导致的神经系统发育障碍在这个关键时期显现出来，就会表现出头部生长放缓、语言能力停止发展、手部出现刻板的洗手样动作等典型的雷特综合症症状。
目前对于雷特综合症的病因主要明确是由MECP2基因的突变所导致，后续的研究也在不断深入探索基因变异与疾病表现之间更精确的关联以及可能的干预靶点等，但就现有科学认知，主要是基于MECP2基因的异常来解释雷特综合症的发病原因。
