苯丙酮尿症可通过遗传咨询、产前诊断、新生儿疾病筛查等方法预防，分析如下：
1、遗传咨询
首先健康人群应避免近亲结婚，若是苯丙酮尿突变基因的携带者或者患病者，应在怀孕前到医院进行遗传咨询。
2、产前诊断
女性可在怀孕后10-13周取绒毛膜或者16-22周行羊水穿刺检查，进行DNA分析，必要时可选择人工流产，达到优生优育的目的，预防苯丙酮尿症患儿出生。
3、新生儿疾病筛查
胎儿在出生后可做新生儿疾病筛查，可及早发现疾病，及早进行治疗。
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