鞍隔囊肿形成因素包括胚胎发育时组织发育异常、孕期受致畸物质干扰及年龄相关生理性退变等致先天性发育异常，脑脊液循环平衡打破、基础病致循环异常及年龄相关退变致蛛网膜下腔压力变化，鞍区周围慢性炎症、创伤及头部轻微损伤积累等致局部机械性因素影响。
一、先天性发育异常因素
在胚胎发育时期，鞍区的组织发育过程若出现异常，可致使蛛网膜下腔局部形成憩室样突出，进而引发鞍隔囊肿。不同性别在胚胎发育阶段面临的先天性发育风险无显著特异性差异，但胚胎发育过程中若受到外界干扰，如孕期母亲接触某些致畸物质等，会增加胎儿出现鞍隔囊肿相关先天性发育异常的风险。随着年龄增长，神经系统结构的生理性退变等也可能对鞍隔囊肿的形成产生影响。
二、蛛网膜下腔压力变化因素
脑脊液的循环动态平衡被打破时，局部蛛网膜下腔压力会出现异常波动，这可能促使鞍隔局部结构发生改变，逐步形成囊肿。有基础神经系统疾病导致脑脊液循环长期异常的患者，发生鞍隔囊肿的可能性相对更高。年龄增长过程中脑脊液循环相关结构的生理性退变等，也会影响蛛网膜下腔压力状态，从而对鞍隔囊肿的形成产生作用。
三、局部机械性因素
鞍区周围组织的慢性炎症、创伤等可导致局部组织粘连、纤维化等，影响蛛网膜下腔的正常结构和脑脊液流动，进而诱导鞍隔囊肿的形成。长期头部受外力轻微损伤积累等情况，会增加局部机械性因素作用的概率，比如从事某些头部易受轻微撞击职业的人群，相对更易因局部机械性因素影响而发生鞍隔囊肿相关改变。
