最严重的免疫系统疾病通常指免疫功能严重缺陷或紊乱，快速导致多器官衰竭、反复感染或恶性疾病的重症，如重症联合免疫缺陷病、系统性红斑狼疮危象、慢性肉芽肿病等。
重症联合免疫缺陷病（SCID）
属于原发性免疫缺陷，T、B淋巴细胞功能同时缺失，新生儿期即反复发生严重感染（肺炎、败血症），未经治疗者多在2岁内死亡。唯一根治手段为造血干细胞移植，早期干预可显著改善预后。
系统性红斑狼疮（狼疮危象）
自身免疫性疾病，抗体攻击多器官（肾、中枢、血液系统），狼疮危象可致急进性肾衰竭、狼疮脑病、溶血性贫血。需甲泼尼龙冲击+环磷酰胺等免疫抑制剂，延误治疗死亡率超30%。
慢性肉芽肿病（CGD）
吞噬细胞杀菌酶缺陷（如NADPH氧化酶异常），反复发生严重细菌/真菌感染，肉芽肿形成于肺、肝、皮肤，长期可致多器官纤维化。需长期抗生素+干扰素-γ（IFN-γ）治疗，感染失控易进展为淋巴瘤。
抗磷脂综合征（APS）
抗磷脂抗体引发血栓形成，可致脑梗塞、肺栓塞，妊娠患者流产率超90%。需长期华法林/新型口服抗凝药，严重血栓事件可致残或猝死。
人类免疫缺陷病毒（HIV）感染
病毒破坏CD4+T细胞，进展至艾滋病期后出现肺孢子菌肺炎、巨细胞病毒视网膜炎、卡波西肉瘤等。规范抗病毒治疗可延长寿命至20年以上，需终身随访，特殊人群（孕妇）需阻断母婴传播。
注：以上疾病均需尽早诊断，结合免疫功能检测（如T细胞亚群、抗体水平）制定个体化治疗方案，特殊人群（如SCID新生儿需严格隔离，狼疮患者避免日晒）需额外防护。
